Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 DHX8-203ENST00000587044 6215 ntTSL 211.99□□□□□ -0.491e-6■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 DHX8-202ENST00000540306 3809 ntTSL 2 BASIC8.84□□□□□ -0.991e-6■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 DHX8-205ENST00000589898 739 ntTSL 28.64□□□□□ -1.031e-6■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 DHX8-204ENST00000587574 492 ntTSL 37.55□□□□□ -1.21e-6■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CORO7-PAM16-201ENST00000572274 672 ntTSL 522.76■■□□□ 1.237e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.827e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CORO7-PAM16-203ENST00000575334 3815 ntTSL 217.15■□□□□ 0.347e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CORO7-201ENST00000251166 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.117e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CORO7-PAM16-202ENST00000572467 3284 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.317e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CORO7-202ENST00000537233 3392 ntTSL 2 BASIC12.64□□□□□ -0.397e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CORO7-208ENST00000571227 3578 ntTSL 511.89□□□□□ -0.517e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PLXNB2-210ENST00000479818 1916 ntTSL 1 (best)20.76■□□□□ 0.912e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 PLXNB2-209ENST00000479701 3504 ntTSL 214.2□□□□□ -0.142e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 PLXNB2-207ENST00000449103 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.172e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 PLXNB2-201ENST00000359337 6335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.242e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 PLXNB2-208ENST00000463165 3038 ntTSL 213.02□□□□□ -0.332e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 PLXNB2-213ENST00000610984 3443 ntTSL 5 BASIC10.76□□□□□ -0.692e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 OS9-220ENST00000552285 2135 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.292e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 OS9-204ENST00000389146 2091 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.162e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.369e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.189e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.169e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.828e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 FKBP10-206ENST00000489591 2826 ntTSL 219.46■□□□□ 0.718e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 FKBP10-203ENST00000455106 1965 ntTSL 216.21■□□□□ 0.198e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.775e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.245e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.195e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.195e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 R3HCC1-207ENST00000521588 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 227.8■■■□□ 2.045e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 R3HCC1-208ENST00000522012 1500 ntTSL 1 (best)27.51■■■□□ 25e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.845e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.65e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 R3HCC1-206ENST00000520480 569 ntTSL 320.31■□□□□ 0.845e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.835e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.745e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 NUDCD3-201ENST00000338427 779 ntTSL 319.56■□□□□ 0.721e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 R3HCC1-205ENST00000519952 985 ntTSL 518.46■□□□□ 0.555e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.295e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TSC22D3-204ENST00000372384 2199 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.265e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.235e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TSC22D3-206ENST00000372397 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.225e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.222e-21■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.74e-9■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 AL022318.4-201ENST00000381568 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.511e-10■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 APOBEC3C-201ENST00000361441 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.41□□□□□ -0.748e-13■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.281e-7■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TUFT1-202ENST00000368848 3033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.51e-7■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TUFT1-203ENST00000368849 3111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.541e-7■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 TUFT1-204ENST00000392712 2946 ntTSL 5 BASIC10.97□□□□□ -0.651e-7■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.548e-8■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.655e-6■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 C19orf25-205ENST00000588427 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.955e-7■■■■■ 31.3
UPF1Q92900 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.746e-9■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.685e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.665e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.575e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 ST6GALNAC6-212ENST00000485320 2357 ntTSL 524.76■■□□□ 1.555e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.495e-8■■■■■ 31.2
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UPF1Q92900 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.815e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.795e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.475e-8■■■■■ 31.2
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UPF1Q92900 LDLR-201ENST00000252444 5337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)14.63□□□□□ -0.072e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 FBRSL1-205ENST00000542061 3175 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.61□□□□□ -0.391e-9■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.944e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 CNBP-201ENST00000422453 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.724e-11■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 CNBP-205ENST00000500450 1516 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.564e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 CNBP-207ENST00000502976 1626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.464e-11■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 CNBP-203ENST00000446936 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.374e-11■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 CNBP-204ENST00000451728 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.314e-11■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 MAT1A-203ENST00000480845 790 ntTSL 319.75■□□□□ 0.751e-7■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 MAT1A-204ENST00000485270 2661 ntTSL 213.7□□□□□ -0.221e-7■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 MAT1A-201ENST00000372213 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.77□□□□□ -0.851e-7■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 SERPINA1-207ENST00000440909 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.62□□□□□ -0.872e-9■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 SERPINA1-201ENST00000355814 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.892e-9■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 SERPINA1-206ENST00000437397 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.3□□□□□ -0.922e-9■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 SERPINA1-208ENST00000448921 3532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9□□□□□ -0.972e-9■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 DDX6-203ENST00000529162 1795 ntTSL 215.79■□□□□ 0.127e-28■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 PTK7-207ENST00000461389 1035 ntTSL 219.82■□□□□ 0.762e-7■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 PTK7-213ENST00000481273 3436 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.6□□□□□ -0.712e-7■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 ATG13-207ENST00000526508 4199 ntTSL 5 BASIC9.8□□□□□ -0.845e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 ATG13-201ENST00000359513 4348 ntTSL 1 (best) BASIC9.22□□□□□ -0.935e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 ATG13-203ENST00000524625 4014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.19□□□□□ -1.15e-8■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.063e-16■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 MCM2-201ENST00000265056 3622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.118e-9■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 NEU1-208ENST00000491768 1875 ntTSL 522.45■■□□□ 1.197e-19■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.757e-19■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 NEU1-207ENST00000480384 2214 ntTSL 219.12■□□□□ 0.657e-19■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 TOR1B-202ENST00000427860 702 ntTSL 324.22■■□□□ 1.471e-6■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.931e-6■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 NARFL-211ENST00000565425 1918 ntTSL 522.74■■□□□ 1.232e-18■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.022e-18■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.372e-18■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 NARFL-202ENST00000540986 3212 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.282e-18■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 NARFL-206ENST00000563051 2943 ntTSL 216.49■□□□□ 0.232e-18■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 NARFL-214ENST00000566650 2818 ntTSL 214.34□□□□□ -0.112e-18■■■■■ 31.2
UPF1Q92900 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.021e-7■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.771e-7■■■■■ 31.1
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