Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3A1Q15459 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SF3A1Q15459 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
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