Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PTPN4P29074 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 174.8 ms