Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 HGH1-204ENST00000530409 543 ntTSL 515.16■□□□□ 0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ECH1-211ENST00000598707 882 ntTSL 215.16■□□□□ 0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.015e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-213ENST00000578064 548 ntTSL 415.07■□□□□ 04e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AGAP5-201ENST00000374094 2394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 05e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 05e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-209ENST00000637158 1200 ntTSL 515.05■□□□□ -05e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.015e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ST7L-204ENST00000361846 4348 ntTSL 1 (best)15□□□□□ -0.015e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-203ENST00000468156 630 ntTSL 214.98□□□□□ -0.015e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ABHD16A-212ENST00000492084 2260 ntTSL 214.97□□□□□ -0.015e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP5C-214ENST00000532058 1970 ntTSL 414.94□□□□□ -0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AFG3L2-204ENST00000591848 446 ntTSL 314.94□□□□□ -0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 EHMT1-219ENST00000626066 1297 ntTSL 514.94□□□□□ -0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.035e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MKL1-203ENST00000402042 4343 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.035e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ST7L-222ENST00000490715 4483 ntTSL 1 (best)14.84□□□□□ -0.035e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-205ENST00000438213 946 ntTSL 214.83□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HYOU1-220ENST00000617285 4529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.045e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STAT6-215ENST00000555222 2185 ntTSL 214.82□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP5C-205ENST00000478046 1886 ntTSL 1 (best)14.81□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AFG3L2-203ENST00000590811 627 ntTSL 314.79□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MYBBP1A-203ENST00000570986 982 ntTSL 214.79□□□□□ -0.044e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-222ENST00000582395 565 ntTSL 414.75□□□□□ -0.054e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TMEM208-212ENST00000567193 915 ntTSL 214.75□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TMEM208-202ENST00000561586 698 ntTSL 214.75□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-219ENST00000545091 1079 ntTSL 514.73□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ECH1-212ENST00000600178 1007 ntTSL 214.72□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SNX1-201ENST00000261889 3373 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 GRAMD4-201ENST00000361034 4315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.065e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.065e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PLPPR1-201ENST00000374874 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.065e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ECH1-213ENST00000601060 786 ntTSL 314.66□□□□□ -0.065e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MKL1-211ENST00000618196 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.065e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ABHD16A-207ENST00000475742 1319 ntTSL 514.64□□□□□ -0.075e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BTBD3-204ENST00000405977 5137 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.075e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TMEM208-204ENST00000563168 1525 ntTSL 214.61□□□□□ -0.075e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 USP40-208ENST00000450966 5616 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.075e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NMRAL1-206ENST00000572232 659 ntTSL 314.59□□□□□ -0.075e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 USP40-212ENST00000473191 590 ntTSL 314.52□□□□□ -0.095e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 FCHSD1-209ENST00000522783 2477 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.095e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MKL1-210ENST00000614754 3917 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.15e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-217ENST00000445987 590 ntTSL 414.45□□□□□ -0.15e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ADGRD1-201ENST00000261654 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.42□□□□□ -0.15e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-210ENST00000526195 560 ntTSL 414.42□□□□□ -0.15e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-209ENST00000577707 534 ntTSL 414.36□□□□□ -0.114e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 USP40-214ENST00000483519 2722 ntTSL 1 (best)14.36□□□□□ -0.115e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-226ENST00000532656 573 ntTSL 414.32□□□□□ -0.125e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ZNF131-205ENST00000504359 565 ntTSL 414.3□□□□□ -0.125e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AGAP5-202ENST00000443782 2430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.125e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BTBD3-203ENST00000399006 4826 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.135e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HYOU1-221ENST00000621959 3358 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.135e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NDUFAF7-201ENST00000002125 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.135e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HYOU1-207ENST00000530473 2023 ntTSL 514.2□□□□□ -0.145e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-213ENST00000527215 545 ntTSL 414.19□□□□□ -0.145e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KATNB1-203ENST00000562592 853 ntTSL 314.14□□□□□ -0.155e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MKL1-205ENST00000407029 4091 ntTSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.155e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 GUSB-212ENST00000478118 571 ntTSL 414.06□□□□□ -0.165e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ATF6B-209ENST00000375201 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.165e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ATF6B-210ENST00000375203 2620 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.165e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 GUSB-211ENST00000476486 776 ntTSL 314.01□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC13.99□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-206ENST00000585910 656 ntTSL 213.98□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HYOU1-217ENST00000612687 4360 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.185e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.185e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TJAP1-214ENST00000490050 942 ntTSL 1 (best)13.9□□□□□ -0.188e-8■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PTPRF-202ENST00000372405 1962 ntTSL 1 (best)13.89□□□□□ -0.195e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.195e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-214ENST00000578895 3154 ntTSL 213.87□□□□□ -0.194e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.195e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 E2F3-203ENST00000613242 4094 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.195e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HOOK2-216ENST00000590839 801 ntTSL 313.78□□□□□ -0.25e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP5C-210ENST00000493347 431 ntTSL 313.76□□□□□ -0.215e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MKL1-213ENST00000620651 3757 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.215e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PNKP-221ENST00000627317 767 ntTSL 513.71□□□□□ -0.215e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ANKLE2-206ENST00000538766 1557 ntTSL 213.69□□□□□ -0.225e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TMEM94-210ENST00000579241 986 ntTSL 213.68□□□□□ -0.225e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-210ENST00000589624 597 ntTSL 513.67□□□□□ -0.225e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ADGRD1-202ENST00000335486 2892 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.225e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KDM6A-214ENST00000621147 2876 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.225e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 VPS16-205ENST00000453689 966 ntTSL 313.6□□□□□ -0.234e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 COL7A1-204ENST00000462475 305 ntTSL 313.59□□□□□ -0.235e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TMEM208-208ENST00000564087 518 ntTSL 513.59□□□□□ -0.235e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CLEC16A-209ENST00000465491 1103 ntTSL 313.51□□□□□ -0.255e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SRRT-212ENST00000487311 563 ntTSL 213.5□□□□□ -0.255e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.255e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 FCHSD1-201ENST00000435817 4320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.265e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ADGRD1-209ENST00000540207 718 ntTSL 313.41□□□□□ -0.265e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SH3TC1-216ENST00000508641 551 ntTSL 413.4□□□□□ -0.265e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-215ENST00000528965 556 ntTSL 313.4□□□□□ -0.265e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-216ENST00000445189 596 ntTSL 413.39□□□□□ -0.275e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RGL2-241ENST00000476616 1141 ntTSL 513.35□□□□□ -0.275e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 USP40-201ENST00000251722 5692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.285e-6■■■■■ 39.5
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