Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL3A1P02461 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL3A1P02461 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL3A1P02461 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL3A1P02461 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL3A1P02461 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL3A1P02461 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms