Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRERF1Q96PN7 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms