Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
HPS3Q969F9 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
HPS3Q969F9 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
HPS3Q969F9 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HPS3Q969F9 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HPS3Q969F9 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HPS3Q969F9 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HPS3Q969F9 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HPS3Q969F9 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms