Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP4Q13107 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP4Q13107 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP4Q13107 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP4Q13107 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP4Q13107 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP4Q13107 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP4Q13107 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP4Q13107 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP4Q13107 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
USP4Q13107 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP4Q13107 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP4Q13107 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
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