Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 CDAN1-202ENST00000562465 2562 ntTSL 1 (best)17.42■□□□□ 0.385e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-210ENST00000567998 7948 ntTSL 217.42■□□□□ 0.385e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.375e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.374e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-208ENST00000577696 656 ntTSL 417.37■□□□□ 0.374e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPUSD1-206ENST00000565503 561 ntTSL 317.37■□□□□ 0.375e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.375e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.365e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.365e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.365e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NMRAL1-203ENST00000571291 927 ntTSL 317.14■□□□□ 0.335e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.335e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.335e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CBFB-204ENST00000563939 545 ntTSL 417.1■□□□□ 0.335e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.335e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ABHD16A-216ENST00000498420 1137 ntTSL 517.04■□□□□ 0.325e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.325e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RNF213-206ENST00000558488 526 ntTSL 316.93■□□□□ 0.35e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TERT-201ENST00000310581 4018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.34e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.295e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-218ENST00000451058 418 ntTSL 316.87■□□□□ 0.295e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NELFA-210ENST00000455762 1022 ntTSL 516.86■□□□□ 0.295e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 USP40-207ENST00000450940 670 ntTSL 316.85■□□□□ 0.295e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 USP40-217ENST00000496298 665 ntTSL 216.85■□□□□ 0.295e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.295e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-205ENST00000414658 717 ntTSL 316.83■□□□□ 0.285e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-227ENST00000486656 577 ntTSL 416.83■□□□□ 0.285e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.275e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.274e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.265e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.265e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RGL2-243ENST00000483151 2772 ntTSL 216.68■□□□□ 0.265e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.255e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.255e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HOOK2-212ENST00000589400 1097 ntTSL 516.57■□□□□ 0.245e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-232ENST00000584024 1965 ntTSL 216.57■□□□□ 0.244e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.245e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-206ENST00000524500 573 ntTSL 416.49■□□□□ 0.235e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.235e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.225e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 VARS-220ENST00000461874 845 ntTSL 516.41■□□□□ 0.225e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-209ENST00000589308 659 ntTSL 316.39■□□□□ 0.215e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ABHD16A-208ENST00000477016 868 ntTSL 516.31■□□□□ 0.25e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.24e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SNX1-203ENST00000558040 774 ntTSL 516.24■□□□□ 0.195e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.185e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TTLL3-229ENST00000492440 1549 ntTSL 216.13■□□□□ 0.175e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AURKAIP1-206ENST00000496905 608 ntTSL 216.03■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CLEC16A-202ENST00000409552 3365 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DCAF15-204ENST00000588523 989 ntTSL 515.98■□□□□ 0.155e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SH3TC1-213ENST00000507891 558 ntTSL 515.98■□□□□ 0.155e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-229ENST00000583359 896 ntTSL 515.97■□□□□ 0.154e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 EPHA2-204ENST00000480202 795 ntTSL 515.97■□□□□ 0.155e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ANKLE2-210ENST00000542657 2446 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.145e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBL3-202ENST00000561907 518 ntTSL 215.93■□□□□ 0.145e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.145e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.145e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SNHG12-203ENST00000464115 712 ntTSL 315.92■□□□□ 0.144e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 GPN2-202ENST00000374135 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.145e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 COL7A1-202ENST00000422991 597 ntTSL 515.91■□□□□ 0.145e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RGL2-238ENST00000437840 2687 ntTSL 1 (best)15.85■□□□□ 0.135e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RHBDF2-207ENST00000590168 2665 ntTSL 1 (best)15.83■□□□□ 0.124e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.125e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-217ENST00000578941 1079 ntTSL 1 (best)15.78■□□□□ 0.124e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP5C-207ENST00000487483 4675 ntTSL 515.75■□□□□ 0.115e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ATXN7-201ENST00000295900 7224 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.115e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 GRAMD4-202ENST00000406902 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.115e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-223ENST00000532370 693 ntTSL 215.71■□□□□ 0.115e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-225ENST00000582545 470 ntTSL 415.68■□□□□ 0.14e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-207ENST00000577471 573 ntTSL 415.68■□□□□ 0.14e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-221ENST00000473028 556 ntTSL 415.63■□□□□ 0.095e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP5C-203ENST00000467502 1235 ntTSL 215.63■□□□□ 0.095e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CRTC1-202ENST00000338797 6929 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.094e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HOOK2-220ENST00000592079 965 ntTSL 515.59■□□□□ 0.095e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.085e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.085e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NMRAL1-207ENST00000572391 639 ntTSL 315.55■□□□□ 0.085e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-226ENST00000582608 559 ntTSL 415.54■□□□□ 0.084e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ATAD3A-205ENST00000429957 498 ntTSL 515.47■□□□□ 0.075e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.065e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.065e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RGL2-240ENST00000471319 1037 ntTSL 515.43■□□□□ 0.065e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.065e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MKL1-202ENST00000396617 4505 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SLC5A9-207ENST00000525901 489 ntTSL 315.33■□□□□ 0.045e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-210ENST00000537263 1318 ntTSL 315.29■□□□□ 0.045e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CNOT3-207ENST00000496327 784 ntTSL 515.26■□□□□ 0.035e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MKL1-201ENST00000355630 4496 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.035e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ADGRD1-204ENST00000446583 5529 ntTSL 515.25■□□□□ 0.035e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ABHD16A-202ENST00000440843 1906 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.035e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SLC27A4-201ENST00000300456 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 QARS-214ENST00000478561 670 ntTSL 315.19■□□□□ 0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPS6KA1-213ENST00000526792 2596 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.025e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-214ENST00000441501 840 ntTSL 315.17■□□□□ 0.025e-6■■■■■ 39.5
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