Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMCH1Q9UPQ0 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms