Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms