Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 SCART1-205ENST00000488261 4709 ntTSL 220.98■□□□□ 0.955e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.935e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.935e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.935e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SCART1-202ENST00000463137 4756 ntTSL 220.77■□□□□ 0.925e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NR2C2AP-203ENST00000537399 1565 ntTSL 220.71■□□□□ 0.915e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.95e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.895e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.895e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.885e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.874e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TERT-203ENST00000460137 2992 ntTSL 1 (best)20.43■□□□□ 0.864e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.864e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.855e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.855e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SNX1-210ENST00000560260 1326 ntTSL 1 (best)20.31■□□□□ 0.845e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPUSD1-210ENST00000569601 917 ntTSL 320.24■□□□□ 0.835e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HGH1-203ENST00000530074 702 ntTSL 320.22■□□□□ 0.835e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.824e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-204ENST00000481742 904 ntTSL 220.12■□□□□ 0.815e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-208ENST00000588385 776 ntTSL 1 (best)20.08■□□□□ 0.815e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STX4-210ENST00000487411 1290 ntTSL 1 (best)20.07■□□□□ 0.85e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.85e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-202ENST00000392178 791 ntTSL 219.97■□□□□ 0.795e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.785e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.775e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPL38-205ENST00000530646 2450 ntTSL 1 (best)19.87■□□□□ 0.775e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.775e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.774e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-211ENST00000538663 552 ntTSL 419.82■□□□□ 0.765e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.765e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.745e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.745e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.735e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.725e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.715e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 VPS16-207ENST00000481812 943 ntTSL 519.44■□□□□ 0.74e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.74e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ATXN7-204ENST00000474112 3367 ntTSL 219.38■□□□□ 0.695e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.685e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.685e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.675e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MKNK2-203ENST00000585667 870 ntTSL 519.18■□□□□ 0.665e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.665e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 EML3-211ENST00000483199 1042 ntTSL 319.12■□□□□ 0.655e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PDXK-214ENST00000476084 602 ntTSL 319.12■□□□□ 0.655e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-210ENST00000432052 598 ntTSL 419.12■□□□□ 0.655e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.655e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-207ENST00000564818 1653 ntTSL 1 (best)19.04■□□□□ 0.645e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.635e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.635e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BTBD3-207ENST00000449299 849 ntTSL 218.93■□□□□ 0.625e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-217ENST00000541898 1198 ntTSL 218.92■□□□□ 0.625e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-204ENST00000535288 622 ntTSL 418.92■□□□□ 0.625e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HYOU1-215ENST00000543287 2464 ntTSL 218.88■□□□□ 0.615e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.615e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-225ENST00000477824 571 ntTSL 518.84■□□□□ 0.615e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-206ENST00000563493 1651 ntTSL 518.84■□□□□ 0.615e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.64e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.65e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RBM42-207ENST00000592526 1012 ntTSL 218.76■□□□□ 0.595e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.595e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP5C-206ENST00000486994 2209 ntTSL 218.62■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.574e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ABHD16A-214ENST00000495769 1892 ntTSL 518.54■□□□□ 0.565e-7■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPUSD1-205ENST00000565377 940 ntTSL 218.53■□□□□ 0.565e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.555e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.555e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RGL2-245ENST00000491168 2316 ntTSL 218.46■□□□□ 0.555e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.545e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.545e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.525e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DMAP1-208ENST00000446292 1066 ntTSL 318.29■□□□□ 0.525e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.55e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.54e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.495e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RHBDF2-206ENST00000589582 1726 ntTSL 518.09■□□□□ 0.494e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.485e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.485e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BTBD3-208ENST00000450368 485 ntTSL 218.01■□□□□ 0.475e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.474e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.475e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.475e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.455e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DDX39A-214ENST00000590556 575 ntTSL 217.82■□□□□ 0.445e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-204ENST00000433655 2006 ntTSL 517.81■□□□□ 0.445e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.434e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-215ENST00000444094 551 ntTSL 417.75■□□□□ 0.435e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 GPN2-203ENST00000431781 739 ntTSL 517.72■□□□□ 0.435e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 FCHSD1-206ENST00000522126 2577 ntTSL 217.72■□□□□ 0.435e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SLC30A10-201ENST00000356609 3650 ntTSL 1 (best)17.71■□□□□ 0.435e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TERT-204ENST00000484238 2422 ntTSL 517.7■□□□□ 0.424e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-209ENST00000536098 563 ntTSL 517.67■□□□□ 0.425e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.425e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.424e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.45e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-227ENST00000582725 1127 ntTSL 517.53■□□□□ 0.44e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KATNB1-204ENST00000563127 733 ntTSL 217.46■□□□□ 0.395e-6■■■■■ 39.5
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