Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS41P49754 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS41P49754 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS41P49754 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS41P49754 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS41P49754 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS41P49754 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS41P49754 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS41P49754 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS41P49754 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS41P49754 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS41P49754 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS41P49754 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS41P49754 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS41P49754 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS41P49754 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS41P49754 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS41P49754 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS41P49754 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS41P49754 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS41P49754 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC23■■□□□ 1.27
VPS41P49754 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS41P49754 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS41P49754 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS41P49754 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS41P49754 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS41P49754 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS41P49754 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS41P49754 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS41P49754 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS41P49754 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS41P49754 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms