Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 TOLLIP-203ENST00000525159 3429 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 HTR3A-201ENST00000299961 1994 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RGL4-202ENST00000401461 2420 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 EFHC1-221ENST00000636489 2421 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL356753.1-201ENST00000427035 2018 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SEPT6-201ENST00000343984 2693 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CDK2-201ENST00000266970 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LINC01782-201ENST00000591212 2908 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ACAN-202ENST00000439576 8840 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 KAZN-205ENST00000400798 3643 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 EPB41L1-202ENST00000338074 6266 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GMEB1-202ENST00000361872 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GFI1B-207ENST00000636137 1870 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 KRT17P4-205ENST00000579946 2555 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 EIF3F-201ENST00000309828 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SNORA50C-201ENST00000408535 133 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC016723.1-201ENST00000430546 633 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 Metazoa_SRP.166-201ENST00000612530 253 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SNORA50.1-201ENST00000628590 135 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TRPM2-204ENST00000397932 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 C7orf57-202ENST00000420324 1957 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ALG11-204ENST00000616513 1983 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 POLD1-210ENST00000599857 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LINC02048-201ENST00000440556 1771 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PLOD2-202ENST00000360060 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CASKIN2-202ENST00000433559 3950 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 KLK11-207ENST00000594768 1347 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PARP3-201ENST00000398755 2336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NPAS4-201ENST00000311034 3303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 MGAT1-205ENST00000446023 3175 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PRR12-203ENST00000615927 4479 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 HAGLR-202ENST00000416928 4235 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 FRMD8-201ENST00000317568 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC144522.1-201ENST00000625111 1658 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ADCYAP1R1-207ENST00000614107 6575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ZNF774-201ENST00000354377 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PITX2-211ENST00000613094 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 MAP7-205ENST00000544465 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SHROOM1-203ENST00000378679 4019 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CACNA1I-202ENST00000402142 10004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ZCCHC12-201ENST00000310164 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 IFT172-203ENST00000416524 1982 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ABLIM2-215ENST00000545242 1972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CAMSAP3-201ENST00000160298 3889 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CDCA7-203ENST00000410019 1488 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DSTN-201ENST00000246069 3617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 COPS7B-203ENST00000373608 2563 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SLC6A2-201ENST00000219833 2858 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SLC1A1-201ENST00000262352 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LINC00324-201ENST00000315707 2082 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ABCA2-203ENST00000371605 8151 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 C4B-201ENST00000425700 5237 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 WASHC3-201ENST00000240079 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL009181.1-201ENST00000418471 1085 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LRCH3-203ENST00000425562 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC092580.1-201ENST00000433998 658 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SPRY4-AS1-203ENST00000443800 566 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC092800.1-201ENST00000449492 579 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC006450.3-201ENST00000453529 2146 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 UCHL1-207ENST00000508768 827 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NDRG4-236ENST00000566192 3265 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 KDELR1-201ENST00000330720 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SGCE-202ENST00000415788 1871 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NXPE3-201ENST00000273347 3941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DRD2-208ENST00000542968 2467 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RBFADN-204ENST00000568911 5187 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NRP1-202ENST00000374816 2804 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TFR2-205ENST00000462107 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 FAM201A-201ENST00000377680 3437 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ADGRA1-201ENST00000392606 3438 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RIC1-203ENST00000414202 6774 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LDLRAD3-202ENST00000524419 1996 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC020917.4-201ENST00000623994 1999 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SMC5-201ENST00000361138 5980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.6 ms