Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms