Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
EXOSC4Q9NPD3 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.4 ms