Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USF3Q68DE3 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
USF3Q68DE3 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms