Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
HDAC4P56524 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HDAC4P56524 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HDAC4P56524 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms