Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SHMT2P34897 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms