Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
NPHP4O75161 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
NPHP4O75161 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
NPHP4O75161 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
NPHP4O75161 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC32.2■■■□□ 2.75
NPHP4O75161 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.75
NPHP4O75161 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
NPHP4O75161 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.15■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.15■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC32.15■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP4O75161 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC32.13■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.13■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC32.13■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
NPHP4O75161 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP4O75161 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms