Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 NCOA6-201ENST00000359003 7081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.148e-12■■■■■ 42.3
U2AF1Q01081 NCOA6-202ENST00000374796 9311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.088e-12■■■■■ 42.3
U2AF1Q01081 NCOA6-209ENST00000628752 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 57.89□□□□□ -1.158e-12■■■■■ 42.3
U2AF1Q01081 USP9X-202ENST00000378308 8371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.251e-11■■■■■ 41.9
U2AF1Q01081 USP9X-201ENST00000324545 12401 ntTSL 5 BASIC9.3□□□□□ -0.921e-11■■■■■ 41.9
U2AF1Q01081 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.883e-11■■■■■ 41.7
U2AF1Q01081 CNOT4-204ENST00000414802 1687 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.43e-20■■■■■ 41.5
U2AF1Q01081 CNOT4-203ENST00000361528 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.273e-20■■■■■ 41.5
U2AF1Q01081 CNOT4-212ENST00000541284 3563 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.23□□□□□ -0.453e-20■■■■■ 41.5
U2AF1Q01081 CNOT4-207ENST00000451834 3507 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.11□□□□□ -0.793e-20■■■■■ 41.5
U2AF1Q01081 CNOT4-201ENST00000315544 3783 ntTSL 1 (best) BASIC9.89□□□□□ -0.833e-20■■■■■ 41.5
U2AF1Q01081 CNOT4-206ENST00000428680 4642 ntTSL 1 (best) BASIC9.3□□□□□ -0.923e-20■■■■■ 41.5
U2AF1Q01081 CNOT4-205ENST00000423368 3297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.84□□□□□ -1.153e-20■■■■■ 41.5
U2AF1Q01081 CNOT4-202ENST00000356162 2594 ntTSL 5 BASIC5.28□□□□□ -1.563e-20■■■■■ 41.5
U2AF1Q01081 SRSF11-204ENST00000395136 1408 ntTSL 1 (best)34.96■■■■□ 3.194e-17■■■■■ 41.2
U2AF1Q01081 SRSF11-211ENST00000473950 796 ntTSL 532.24■■■□□ 2.754e-17■■■■■ 41.2
U2AF1Q01081 SRSF11-212ENST00000475204 760 ntTSL 530.64■■■□□ 2.54e-17■■■■■ 41.2
U2AF1Q01081 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.94e-17■■■■■ 41.2
U2AF1Q01081 SRSF11-213ENST00000481648 389 ntTSL 314.1□□□□□ -0.154e-17■■■■■ 41.2
U2AF1Q01081 SRSF11-215ENST00000486667 662 ntTSL 513.57□□□□□ -0.244e-17■■■■■ 41.2
U2AF1Q01081 SRSF11-202ENST00000370950 3784 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.25□□□□□ -0.934e-17■■■■■ 41.2
U2AF1Q01081 GORASP2-211ENST00000497928 711 ntTSL 527.8■■■□□ 2.048e-9■■■■■ 40.9
U2AF1Q01081 GORASP2-205ENST00000455067 530 ntTSL 424.18■■□□□ 1.468e-9■■■■■ 40.9
U2AF1Q01081 GORASP2-204ENST00000454751 624 ntTSL 523.3■■□□□ 1.328e-9■■■■■ 40.9
U2AF1Q01081 GORASP2-210ENST00000497674 563 ntTSL 222.96■■□□□ 1.278e-9■■■■■ 40.9
U2AF1Q01081 GORASP2-203ENST00000444801 568 ntTSL 322.62■■□□□ 1.218e-9■■■■■ 40.9
U2AF1Q01081 GORASP2-202ENST00000442798 1976 ntTSL 219.26■□□□□ 0.678e-9■■■■■ 40.9
U2AF1Q01081 GORASP2-201ENST00000234160 3173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.628e-9■■■■■ 40.9
U2AF1Q01081 GORASP2-209ENST00000493692 951 ntTSL 517.62■□□□□ 0.418e-9■■■■■ 40.9
U2AF1Q01081 GORASP2-206ENST00000471559 812 ntTSL 411.23□□□□□ -0.618e-9■■■■■ 40.9
U2AF1Q01081 ATXN2L-214ENST00000564284 603 ntTSL 221.22■□□□□ 0.992e-22■■■■■ 40.6
U2AF1Q01081 HBBP1-201ENST00000433329 439 ntBASIC10.4□□□□□ -0.746e-8■■■■■ 40.5
U2AF1Q01081 HBBP1-202ENST00000454892 455 ntTSL 2 BASIC8.76□□□□□ -1.016e-8■■■■■ 40.5
U2AF1Q01081 TAF1-205ENST00000437147 2295 ntTSL 1 (best)11.86□□□□□ -0.517e-11■■■■■ 40.4
U2AF1Q01081 TAF1-202ENST00000373775 2199 ntTSL 511.51□□□□□ -0.577e-11■■■■■ 40.4
U2AF1Q01081 TAF1-201ENST00000276072 5692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.3□□□□□ -0.67e-11■■■■■ 40.4
U2AF1Q01081 TAF1-204ENST00000423759 7722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.36□□□□□ -0.757e-11■■■■■ 40.4
U2AF1Q01081 TAF1-203ENST00000373790 7629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.95□□□□□ -0.827e-11■■■■■ 40.4
U2AF1Q01081 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.925e-15■■■■■ 40.2
U2AF1Q01081 TATDN2-204ENST00000496355 1456 ntTSL 322.8■■□□□ 1.245e-15■■■■■ 40.2
U2AF1Q01081 AC022384.1-202ENST00000450534 2831 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.075e-15■■■■■ 40.2
U2AF1Q01081 AC022384.1-201ENST00000437082 2270 ntAPPRIS P5 TSL 214.64□□□□□ -0.075e-15■■■■■ 40.2
U2AF1Q01081 TATDN2-203ENST00000448281 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.35e-15■■■■■ 40.2
U2AF1Q01081 SEC63-209ENST00000484803 724 ntTSL 27.38□□□□□ -1.236e-12■■■■■ 40
U2AF1Q01081 SEC63-202ENST00000429168 647 ntTSL 57.38□□□□□ -1.236e-12■■■■■ 40
U2AF1Q01081 HIST1H2BJ-203ENST00000607124 950 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.152e-17■■■■■ 39.5
U2AF1Q01081 HIST1H2BJ-202ENST00000606923 408 ntTSL 39.27□□□□□ -0.932e-17■■■■■ 39.5
U2AF1Q01081 PUS7L-202ENST00000416848 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.98□□□□□ -0.497e-10■■■■■ 39.4
U2AF1Q01081 PUS7L-203ENST00000431332 1873 ntTSL 2 BASIC6.25□□□□□ -1.417e-10■■■■■ 39.4
U2AF1Q01081 PUS7L-201ENST00000344862 13593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.24□□□□□ -1.577e-10■■■■■ 39.4
U2AF1Q01081 PUS7L-207ENST00000551923 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.09□□□□□ -1.597e-10■■■■■ 39.4
U2AF1Q01081 RGL2-245ENST00000491168 2316 ntTSL 222.24■■□□□ 1.151e-11■■■■■ 39.2
U2AF1Q01081 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.011e-11■■■■■ 39.2
U2AF1Q01081 RGL2-238ENST00000437840 2687 ntTSL 1 (best)18.86■□□□□ 0.611e-11■■■■■ 39.2
U2AF1Q01081 RGL2-243ENST00000483151 2772 ntTSL 218.67■□□□□ 0.581e-11■■■■■ 39.2
U2AF1Q01081 RGL2-242ENST00000478610 1009 ntTSL 318.1■□□□□ 0.491e-11■■■■■ 39.2
U2AF1Q01081 DDX18-204ENST00000474694 1083 ntTSL 511.04□□□□□ -0.645e-10■■■■■ 38.9
U2AF1Q01081 DDX18-201ENST00000263239 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.15□□□□□ -0.945e-10■■■■■ 38.9
U2AF1Q01081 DDX18-202ENST00000415038 644 ntTSL 54.97□□□□□ -1.615e-10■■■■■ 38.9
U2AF1Q01081 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.794e-11■■■■■ 38.6
U2AF1Q01081 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.44e-11■■■■■ 38.6
U2AF1Q01081 TAF15-203ENST00000603393 1214 ntTSL 1 (best)22.76■■□□□ 1.234e-11■■■■■ 38.6
U2AF1Q01081 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.964e-11■■■■■ 38.6
U2AF1Q01081 TAF15-212ENST00000604879 808 ntTSL 517.66■□□□□ 0.424e-11■■■■■ 38.6
U2AF1Q01081 TAF15-202ENST00000603346 702 ntTSL 28.99□□□□□ -0.974e-11■■■■■ 38.6
U2AF1Q01081 TAF15-201ENST00000603067 580 ntTSL 58.63□□□□□ -1.034e-11■■■■■ 38.6
U2AF1Q01081 ELP2-224ENST00000543861 555 ntTSL 48.43□□□□□ -1.061e-9■■■■■ 38.5
U2AF1Q01081 ELP2-219ENST00000542050 690 ntTSL 34.1□□□□□ -1.751e-9■■■■■ 38.5
U2AF1Q01081 ELP2-217ENST00000541294 883 ntTSL 53.6□□□□□ -1.831e-9■■■■■ 38.5
U2AF1Q01081 HMGN1-213ENST00000482192 793 ntTSL 315.9■□□□□ 0.141e-13■■■■■ 38.5
U2AF1Q01081 HMGN1-215ENST00000485550 745 ntTSL 514.15□□□□□ -0.141e-13■■■■■ 38.5
U2AF1Q01081 HMGN1-218ENST00000490032 405 ntTSL 34.73□□□□□ -1.651e-13■■■■■ 38.5
U2AF1Q01081 WDR55-202ENST00000504897 2953 ntTSL 219.17■□□□□ 0.662e-11■■■■■ 38.4
U2AF1Q01081 WDR55-205ENST00000520764 1696 ntTSL 218.82■□□□□ 0.62e-11■■■■■ 38.4
U2AF1Q01081 WDR55-203ENST00000506393 2477 ntTSL 216.66■□□□□ 0.262e-11■■■■■ 38.4
U2AF1Q01081 PHF21A-202ENST00000418153 2730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.052e-11■■■■■ 38.4
U2AF1Q01081 WDR55-204ENST00000511232 3812 ntTSL 213.32□□□□□ -0.282e-11■■■■■ 38.4
U2AF1Q01081 WDR55-201ENST00000358337 4080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.322e-11■■■■■ 38.4
U2AF1Q01081 PHF21A-207ENST00000527401 8954 ntTSL 212.91□□□□□ -0.342e-11■■■■■ 38.4
U2AF1Q01081 PHF21A-201ENST00000323180 3675 ntTSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.722e-11■■■■■ 38.4
U2AF1Q01081 WDR27-205ENST00000467418 947 ntTSL 513.65□□□□□ -0.226e-11■■■■■ 38.3
U2AF1Q01081 DDX5-219ENST00000581697 580 ntTSL 520.09■□□□□ 0.812e-20■■■■■ 38.1
U2AF1Q01081 RBSN-205ENST00000449964 1132 ntTSL 526.55■■□□□ 1.843e-10■■■■■ 38
U2AF1Q01081 RBSN-209ENST00000507357 582 ntTSL 424.91■■□□□ 1.583e-10■■■■■ 38
U2AF1Q01081 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.373e-10■■■■■ 38
U2AF1Q01081 RBSN-203ENST00000441057 1352 ntTSL 523.25■■□□□ 1.313e-10■■■■■ 38
U2AF1Q01081 RBSN-207ENST00000476527 3005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.213e-10■■■■■ 38
U2AF1Q01081 RBSN-201ENST00000253699 6678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.383e-10■■■■■ 38
U2AF1Q01081 HBS1L-210ENST00000527005 2224 ntTSL 1 (best)4.49□□□□□ -1.693e-10■■■■■ 38
U2AF1Q01081 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.422e-10■■■■■ 37.6
U2AF1Q01081 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.982e-10■■■■■ 37.6
U2AF1Q01081 CMC1-201ENST00000334841 724 ntTSL 320.21■□□□□ 0.834e-11■■■■■ 37.5
U2AF1Q01081 CMC1-204ENST00000423894 549 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.694e-11■■■■■ 37.5
U2AF1Q01081 CMC1-205ENST00000466830 6033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.14e-11■■■■■ 37.5
U2AF1Q01081 CMC1-209ENST00000477739 3749 ntTSL 1 (best)12.58□□□□□ -0.44e-11■■■■■ 37.5
U2AF1Q01081 ICE2-203ENST00000558181 7060 ntTSL 1 (best)9.14□□□□□ -0.954e-11■■■■■ 37.5
U2AF1Q01081 ICE2-201ENST00000261520 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.88□□□□□ -1.154e-11■■■■■ 37.5
U2AF1Q01081 ICE2-216ENST00000561328 5901 ntTSL 1 (best)7.48□□□□□ -1.214e-11■■■■■ 37.5
U2AF1Q01081 ICE2-215ENST00000561144 759 ntTSL 25.66□□□□□ -1.54e-11■■■■■ 37.5
U2AF1Q01081 CMC1-202ENST00000396610 593 ntTSL 25.31□□□□□ -1.564e-11■■■■■ 37.5
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 52.7 ms