Protein–RNA interactions for Protein: O60493

SNX3, Sorting nexin-3, humanhuman

Predictions only

Length 162 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNX3O60493 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SNX3O60493 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
SNX3O60493 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SNX3O60493 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SNX3O60493 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SNX3O60493 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SNX3O60493 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SNX3O60493 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SNX3O60493 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SNX3O60493 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SNX3O60493 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SNX3O60493 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SNX3O60493 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SNX3O60493 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SNX3O60493 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SNX3O60493 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SNX3O60493 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SNX3O60493 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SNX3O60493 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SNX3O60493 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SNX3O60493 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SNX3O60493 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
SNX3O60493 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SNX3O60493 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SNX3O60493 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SNX3O60493 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SNX3O60493 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNX3O60493 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SNX3O60493 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SNX3O60493 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SNX3O60493 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SNX3O60493 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SNX3O60493 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SNX3O60493 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SNX3O60493 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SNX3O60493 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
SNX3O60493 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SNX3O60493 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SNX3O60493 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SNX3O60493 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SNX3O60493 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SNX3O60493 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SNX3O60493 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SNX3O60493 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SNX3O60493 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SNX3O60493 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SNX3O60493 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SNX3O60493 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SNX3O60493 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SNX3O60493 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SNX3O60493 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
SNX3O60493 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
SNX3O60493 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SNX3O60493 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SNX3O60493 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SNX3O60493 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SNX3O60493 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SNX3O60493 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SNX3O60493 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SNX3O60493 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SNX3O60493 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SNX3O60493 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
SNX3O60493 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
SNX3O60493 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SNX3O60493 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SNX3O60493 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SNX3O60493 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SNX3O60493 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
SNX3O60493 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SNX3O60493 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SNX3O60493 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SNX3O60493 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SNX3O60493 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SNX3O60493 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
SNX3O60493 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SNX3O60493 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SNX3O60493 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SNX3O60493 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SNX3O60493 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SNX3O60493 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SNX3O60493 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SNX3O60493 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SNX3O60493 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SNX3O60493 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SNX3O60493 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SNX3O60493 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SNX3O60493 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SNX3O60493 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SNX3O60493 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SNX3O60493 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SNX3O60493 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SNX3O60493 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SNX3O60493 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SNX3O60493 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SNX3O60493 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SNX3O60493 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SNX3O60493 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SNX3O60493 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SNX3O60493 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SNX3O60493 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms