Protein–RNA interactions for Protein: O43542

XRCC3, DNA repair protein XRCC3, humanhuman

Predictions only

Length 346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
XRCC3O43542 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
XRCC3O43542 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
XRCC3O43542 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
XRCC3O43542 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
XRCC3O43542 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
XRCC3O43542 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
XRCC3O43542 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
XRCC3O43542 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
XRCC3O43542 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
XRCC3O43542 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
XRCC3O43542 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
XRCC3O43542 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
XRCC3O43542 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
XRCC3O43542 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
XRCC3O43542 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
XRCC3O43542 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
XRCC3O43542 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
XRCC3O43542 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
XRCC3O43542 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
XRCC3O43542 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
XRCC3O43542 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
XRCC3O43542 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
XRCC3O43542 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
XRCC3O43542 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
XRCC3O43542 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
XRCC3O43542 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
XRCC3O43542 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
XRCC3O43542 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
XRCC3O43542 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
XRCC3O43542 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
XRCC3O43542 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
XRCC3O43542 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
XRCC3O43542 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
XRCC3O43542 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
XRCC3O43542 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
XRCC3O43542 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
XRCC3O43542 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
XRCC3O43542 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
XRCC3O43542 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
XRCC3O43542 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms