Protein–RNA interactions for Protein: Q12946

FOXF1, Forkhead box protein F1, humanhuman

Predictions only

Length 379 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXF1Q12946 RN7SL455P-201ENST00000580629 282 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
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FOXF1Q12946 FMNL3-205ENST00000550488 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.78□□□□□ -0.36
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FOXF1Q12946 AC005252.3-201ENST00000623855 2258 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
FOXF1Q12946 SLC25A21-AS1-201ENST00000556667 1924 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
FOXF1Q12946 ST3GAL5-203ENST00000393805 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
FOXF1Q12946 HMGCS2-201ENST00000369406 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
FOXF1Q12946 ENDOV-207ENST00000518907 2418 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
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