Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC28BQ9BUN5 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms