Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms