Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 SLC6A8-210ENST00000485324 2401 ntTSL 221.7■■□□□ 1.065e-9■■■■■ 40.9
SF3A3Q12874 TBCD-218ENST00000575132 707 ntTSL 512.89□□□□□ -0.351e-11■■■■■ 40.9
SF3A3Q12874 CLUH-206ENST00000572129 480 ntTSL 510.49□□□□□ -0.736e-12■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 RPL7L1-203ENST00000459829 801 ntTSL 25.65□□□□□ -1.52e-6■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.935e-7■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 KMT5C-203ENST00000445196 2077 ntTSL 517.22■□□□□ 0.355e-7■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 NRBP2-206ENST00000530347 1037 ntTSL 515.82■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 AP3D1-210ENST00000591631 796 ntTSL 513.94□□□□□ -0.189e-8■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 SPIDR-225ENST00000524141 2761 ntTSL 211.04□□□□□ -0.649e-22■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 ABCC1-203ENST00000572053 744 ntTSL 39.76□□□□□ -0.852e-6■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 CAMTA2-204ENST00000414043 4589 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.121e-6■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 CAMTA2-201ENST00000348066 4491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 CAMTA2-208ENST00000572543 4496 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 CAMTA2-202ENST00000361571 4777 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 CAMTA2-203ENST00000381311 4374 ntTSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.531e-6■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 CAMTA2-209ENST00000573004 962 ntTSL 29.29□□□□□ -0.921e-6■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 HDAC4-209ENST00000487617 819 ntTSL 318.08■□□□□ 0.482e-6■■■■■ 40.8
SF3A3Q12874 MAP4K4-213ENST00000476609 3598 ntTSL 210.76□□□□□ -0.691e-6■■■■■ 40.6
SF3A3Q12874 RBM28-206ENST00000487602 715 ntTSL 57.74□□□□□ -1.171e-20■■■■■ 40.6
SF3A3Q12874 PTP4A1-203ENST00000473334 638 ntTSL 319.85■□□□□ 0.778e-13■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.638e-13■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 PTP4A1-202ENST00000470661 479 ntTSL 25.98□□□□□ -1.458e-13■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 PTP4A1-204ENST00000578299 135 ntTSL 2 BASIC2.53□□□□□ -28e-13■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-219ENST00000494399 1848 ntTSL 214.08□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-208ENST00000463092 968 ntTSL 214.05□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-218ENST00000491773 676 ntTSL 213.52□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-205ENST00000460906 820 ntTSL 513.1□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-214ENST00000478467 857 ntTSL 311.46□□□□□ -0.572e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-213ENST00000473012 632 ntTSL 310.91□□□□□ -0.662e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-207ENST00000462688 901 ntTSL 510.91□□□□□ -0.662e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-203ENST00000434478 600 ntTSL 310.44□□□□□ -0.742e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-220ENST00000496439 800 ntTSL 210.25□□□□□ -0.772e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-211ENST00000469548 1044 ntTSL 210.18□□□□□ -0.782e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-215ENST00000486699 968 ntTSL 310.18□□□□□ -0.782e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-221ENST00000636293 1102 ntTSL 5 BASIC9.94□□□□□ -0.822e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-222ENST00000636836 1173 ntTSL 5 BASIC9.94□□□□□ -0.822e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-217ENST00000491300 884 ntTSL 59.8□□□□□ -0.842e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-216ENST00000490385 860 ntTSL 59.74□□□□□ -0.852e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-202ENST00000428106 682 ntTSL 39.73□□□□□ -0.852e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 UROD-204ENST00000460334 663 ntTSL 57.59□□□□□ -1.192e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 RNU2-70P-201ENST00000410718 179 ntBASIC1.54□□□□□ -2.162e-6■■■■■ 40.5
SF3A3Q12874 PLXNA3-209ENST00000497802 729 ntTSL 212.79□□□□□ -0.366e-7■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 GATAD2B-201ENST00000368655 7478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.39□□□□□ -0.436e-7■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 GATAD2B-203ENST00000634408 1825 ntTSL 5 BASIC8.59□□□□□ -1.036e-7■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 GATAD2B-205ENST00000634564 788 ntTSL 57.95□□□□□ -1.146e-7■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 GATAD2B-204ENST00000634544 2342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.75□□□□□ -1.176e-7■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 GATAD2B-206ENST00000634645 507 ntTSL 35.53□□□□□ -1.526e-7■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.186e-8■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 FBXO17-203ENST00000596025 935 ntTSL 217.89■□□□□ 0.456e-8■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.456e-8■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 INF2-209ENST00000617571 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.132e-8■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 PRR12-203ENST00000615927 4479 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.042e-8■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 INF2-201ENST00000252527 3050 ntTSL 215.17■□□□□ 0.022e-8■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 PELP1-204ENST00000570571 902 ntTSL 314.9□□□□□ -0.026e-7■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 PRR12-201ENST00000418929 6955 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.032e-8■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 ATP13A1-210ENST00000491221 937 ntTSL 211.65□□□□□ -0.543e-6■■■■■ 40.4
SF3A3Q12874 DDX11-224ENST00000543026 2066 ntTSL 215.12■□□□□ 0.012e-11■■■■■ 40.3
SF3A3Q12874 DDX11-230ENST00000545717 617 ntTSL 314.01□□□□□ -0.172e-11■■■■■ 40.3
SF3A3Q12874 DDX11-206ENST00000535158 1718 ntTSL 213.64□□□□□ -0.232e-11■■■■■ 40.3
SF3A3Q12874 DDX11-205ENST00000438391 1135 ntTSL 513.4□□□□□ -0.262e-11■■■■■ 40.3
SF3A3Q12874 DDX11-217ENST00000540935 1210 ntTSL 212.78□□□□□ -0.362e-11■■■■■ 40.3
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SF3A3Q12874 POLE-217ENST00000541627 2105 ntTSL 218.57■□□□□ 0.562e-6■■■■■ 40.3
SF3A3Q12874 AP3D1-211ENST00000591650 1437 ntTSL 1 (best)16.3■□□□□ 0.23e-7■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.496e-7■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.316e-7■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.236e-7■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HES4-203ENST00000481869 1038 ntTSL 226.34■■□□□ 1.811e-8■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.081e-8■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.041e-8■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.651e-8■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.462e-6■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.062e-6■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HDGFL2-207ENST00000615225 3100 ntTSL 520.18■□□□□ 0.822e-6■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HDGFL2-206ENST00000614903 239 ntTSL 518.01■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HDGFL2-203ENST00000592417 1349 ntTSL 217.99■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HDGFL2-201ENST00000587016 870 ntTSL 317.06■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 ABCA7-201ENST00000263094 6816 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.261e-6■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 ABCA7-203ENST00000435683 6211 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.161e-6■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 ABCA7-202ENST00000433129 6704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.111e-6■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 ESRP2-211ENST00000566774 2072 ntTSL 216.31■□□□□ 0.23e-8■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 PDXDC2P-NPIPB14P-205ENST00000531894 4184 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 PDXDC2P-NPIPB14P-204ENST00000530079 2764 ntTSL 513.42□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 40.2
SF3A3Q12874 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.512e-7■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 UNC45A-215ENST00000557212 1528 ntTSL 216.56■□□□□ 0.241e-10■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 UNC45A-210ENST00000553671 855 ntTSL 314.31□□□□□ -0.121e-10■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 UNC45A-201ENST00000394275 4002 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.381e-10■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 UNC45A-202ENST00000418476 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.381e-10■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 UNC45A-214ENST00000556704 1299 ntTSL 511.89□□□□□ -0.511e-10■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 UNC45A-216ENST00000639885 3255 ntTSL 5 BASIC10.86□□□□□ -0.671e-10■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 SARS-201ENST00000234677 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.172e-9■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 SARS-202ENST00000369923 1882 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.192e-9■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 PYGB-203ENST00000471359 726 ntTSL 212.89□□□□□ -0.352e-9■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 PYGB-202ENST00000428458 734 ntTSL 39.42□□□□□ -0.92e-9■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 SARS-203ENST00000468588 1582 ntTSL 24.95□□□□□ -1.622e-9■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 CEP250-204ENST00000422671 2648 ntTSL 515.14■□□□□ 0.019e-7■■■■■ 40.1
SF3A3Q12874 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.436e-8■■■■■ 40
SF3A3Q12874 UQCRC1-203ENST00000415995 1387 ntTSL 515.27■□□□□ 0.046e-8■■■■■ 40
SF3A3Q12874 UQCRC1-204ENST00000460105 622 ntTSL 213.98□□□□□ -0.176e-8■■■■■ 40
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