Protein–RNA interactions for Protein: Q12946

FOXF1, Forkhead box protein F1, humanhuman

Predictions only

Length 379 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXF1Q12946 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 CEP95-212ENST00000581056 903 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 AC063977.3-201ENST00000597569 547 ntTSL 4 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 ZNF350-AS1-202ENST00000600253 577 ntTSL 4 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 ATRAID-207ENST00000606999 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 LINC01726-201ENST00000624692 1253 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 S100PBP-203ENST00000373476 3320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 GABRB3-219ENST00000636466 4509 ntTSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 MED15-203ENST00000382974 2235 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 GOLIM4-202ENST00000470487 4373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 OR2A25-202ENST00000641441 1733 ntAPPRIS P1 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 TTLL4-212ENST00000457313 3723 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 TSPAN12-201ENST00000222747 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 GLI2-203ENST00000361492 6768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 MIOS-201ENST00000340080 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 ZNF829-201ENST00000391711 1805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 HDAC9-208ENST00000417496 2524 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 SUCO-201ENST00000263688 5556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 SHROOM1-203ENST00000378679 4019 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 CDCA3-207ENST00000538862 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 KLHL21-201ENST00000377658 4487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 PRR12-203ENST00000615927 4479 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 FGFR3-201ENST00000260795 4132 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SNX19-213ENST00000534726 1656 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 UBR2-201ENST00000372899 7857 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 UBR2-202ENST00000372901 7857 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SLC37A4-201ENST00000330775 2102 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 FAM198B-201ENST00000296530 4985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ATP6V0A1-203ENST00000393829 3028 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 TRAF1-201ENST00000373887 6324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 TNIK-202ENST00000341852 4727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SLC9B1-201ENST00000296422 1879 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 GRHL1-202ENST00000405379 1881 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 FAM96A-203ENST00000557835 1536 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SPERT-204ENST00000610924 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 MTMR9-202ENST00000526292 1960 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 GOLGA8EP-201ENST00000530246 1959 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 COASY-211ENST00000590958 1976 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 PRSS30P-203ENST00000476276 2855 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 DDX20-201ENST00000369702 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 CNN2-201ENST00000263097 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 CNN2-205ENST00000562958 2194 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 MYH7-201ENST00000355349 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ARHGEF1-201ENST00000337665 3171 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 AL359881.3-201ENST00000602640 1721 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 CCL19-201ENST00000311925 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 MBP-201ENST00000354542 575 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ESD-202ENST00000378720 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 OR8T1P-201ENST00000421347 918 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SLC5A4-AS1-201ENST00000434942 876 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 TAC3-208ENST00000441881 731 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 Z97180.1-201ENST00000445173 988 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SNHG21-204ENST00000559366 674 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 TAC3-211ENST00000615887 1120 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 OSGIN1-201ENST00000343939 2391 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ZNF570-201ENST00000330173 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 CYB5D2-201ENST00000301391 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ZNF815P-201ENST00000421890 1352 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 AC111170.3-201ENST00000624282 2464 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 LINC01029-204ENST00000583106 1465 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 CSRP1-202ENST00000367306 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SIRPA-202ENST00000358771 3996 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 CAPN1-224ENST00000533129 2792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 AGAP10P-201ENST00000454844 2418 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 PPRC1-203ENST00000413464 4580 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SLC46A3-201ENST00000266943 3173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 AC004997.1-205ENST00000447976 1851 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 GIT1-211ENST00000581348 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 LINC00174-204ENST00000421767 4702 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ZBP1-201ENST00000371173 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SHMT1P1-201ENST00000419974 1312 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 GRIN2C-201ENST00000293190 4261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 PCGF2-203ENST00000616129 1534 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 TRIM41-201ENST00000315073 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 PIGG-202ENST00000383028 2787 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 CLTCL1-212ENST00000622493 1714 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 UBXN11-204ENST00000374217 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 P2RY1-201ENST00000305097 6747 ntAPPRIS P1 BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 NCBP2-204ENST00000427641 1946 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 SMARCA4-204ENST00000444061 4938 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ETV4-203ENST00000538265 2147 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 TNFRSF1B-201ENST00000376259 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
FOXF1Q12946 ZNF75A-205ENST00000574298 2347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.3 ms