Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 UBE3A-224ENST00000635914 9352 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 MIOS-201ENST00000340080 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 VCAN-211ENST00000513984 1825 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 MAPT-206ENST00000415613 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LY86-201ENST00000230568 559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 FERD3L-201ENST00000275461 640 ntAPPRIS P1 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LCMT1-202ENST00000380966 989 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AL590093.1-201ENST00000416119 623 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 NUBP1-202ENST00000433392 1185 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 UPK1A-AS1-201ENST00000443196 795 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC096649.1-201ENST00000449168 497 ntTSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC007319.1-201ENST00000453517 802 ntTSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AREG-202ENST00000502307 956 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 REEP5-205ENST00000504247 480 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 REEP5-207ENST00000513339 1139 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RTN4RL2-203ENST00000533205 637 ntTSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC069185.1-202ENST00000533405 471 ntTSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PTGR1-209ENST00000538962 1200 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CR383656.3-201ENST00000551315 183 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 KRT8P1-201ENST00000557533 1207 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 HERC2P11-201ENST00000562845 725 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC100756.2-201ENST00000569537 736 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC010422.5-201ENST00000597961 585 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 COL22A1-201ENST00000303045 6346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 SRD5A3-201ENST00000264228 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RASA3-201ENST00000334062 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 HTR7-202ENST00000336152 3126 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PLXNB1-204ENST00000456774 5859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TUSC3-201ENST00000382020 3683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 FBXO42-201ENST00000375592 6202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ATE1-203ENST00000369043 4900 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AL513327.1-206ENST00000587696 1432 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ORMDL3-202ENST00000394169 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 IMPACT-201ENST00000284202 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ODF2L-204ENST00000370566 2155 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RASSF6-202ENST00000335049 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LINC01225-202ENST00000562339 2113 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PLEKHN1-202ENST00000379409 2455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 OS9-204ENST00000389146 2091 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PFKFB4-201ENST00000232375 3586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CERS6-202ENST00000392687 6851 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 KIAA1217-203ENST00000376452 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PPP1R13L-202ENST00000418234 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TMEM208-201ENST00000304800 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ZCCHC13-201ENST00000339534 842 ntAPPRIS P1 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ASNA1-201ENST00000357332 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC097059.1-201ENST00000413103 885 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LINC00686-201ENST00000435412 332 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC013448.2-201ENST00000440341 787 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LINC02062-201ENST00000513175 478 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AL355916.2-201ENST00000556543 593 ntTSL 4 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 C2orf69P1-201ENST00000563532 1093 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC141586.1-203ENST00000567242 366 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC024361.2-201ENST00000574471 898 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TMEM98-205ENST00000578289 806 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC011481.2-201ENST00000585408 426 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 FO393412.1-201ENST00000619841 382 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC138466.5-201ENST00000624002 808 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 KRT33A-201ENST00000007735 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 KCNT1-212ENST00000628528 7057 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 KIRREL1-204ENST00000368173 7519 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC117489.1-201ENST00000625169 3217 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TMPRSS6-204ENST00000406856 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
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