Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN3AQ9NY46 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms