Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
CHMP4CQ96CF2 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHMP4CQ96CF2 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHMP4CQ96CF2 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms