Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA1Q96BD8 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms