Protein–RNA interactions for Protein: H7C350

CCDC188, Coiled-coil domain-containing protein 188, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC188H7C350 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC188H7C350 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC188H7C350 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC188H7C350 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms