Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 WDR33-202ENST00000393006 3574 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.568e-15■□□□□ 8.6
SF3A3Q12874 GSDMD-207ENST00000526469 1643 ntTSL 222.6■■□□□ 1.214e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GSDMD-216ENST00000534602 480 ntTSL 218.47■□□□□ 0.554e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GSDMD-205ENST00000526051 700 ntTSL 314.39□□□□□ -0.114e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.63e-21■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ZNF789-210ENST00000488485 1884 ntTSL 216.27■□□□□ 0.25e-11■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GDF15-203ENST00000595973 890 ntTSL 516.26■□□□□ 0.193e-21■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.035e-11■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ZNF789-209ENST00000483089 2994 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.25e-11■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GDF15-202ENST00000594925 294 ntTSL 313.74□□□□□ -0.213e-21■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ZNF789-205ENST00000465438 4253 ntTSL 1 (best)10.7□□□□□ -0.75e-11■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ZNF789-206ENST00000468705 484 ntTSL 38.56□□□□□ -1.045e-11■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.556e-12■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.556e-12■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ATRAID-207ENST00000606999 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.336e-12■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ATRAID-205ENST00000484646 548 ntTSL 212.89□□□□□ -0.356e-12■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ATRAID-202ENST00000405489 1059 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.546e-12■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ATRAID-203ENST00000419744 612 ntTSL 25.85□□□□□ -1.476e-12■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GUSBP11-201ENST00000422506 2055 ntTSL 221.68■■□□□ 1.068e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.918e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.898e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GUSBP11-205ENST00000452737 1662 ntTSL 1 (best)20.55■□□□□ 0.888e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GGA2-206ENST00000566547 603 ntTSL 219.22■□□□□ 0.678e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.498e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.418e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.328e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.248e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-203ENST00000535095 2431 ntTSL 216.43■□□□□ 0.228e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.218e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GUSBP11-204ENST00000451837 3234 ntTSL 1 (best)16.23■□□□□ 0.198e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.188e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GUSBP11-203ENST00000445682 3350 ntTSL 215.59■□□□□ 0.098e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-205ENST00000370169 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.088e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 GUSBP11-206ENST00000455485 3816 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.058e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-211ENST00000553151 564 ntTSL 515.32■□□□□ 0.048e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.018e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 C5orf24-206ENST00000508791 643 ntTSL 314.59□□□□□ -0.078e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-210ENST00000429502 784 ntTSL 514.49□□□□□ -0.098e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-202ENST00000339310 2289 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.178e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 BRD3-204ENST00000433041 599 ntTSL 313.84□□□□□ -0.198e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.28e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-203ENST00000370162 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.218e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-201ENST00000299206 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.228e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.228e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 UBE3C-207ENST00000494532 543 ntTSL 213.57□□□□□ -0.248e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 PPP6R3-225ENST00000534190 1980 ntTSL 213.57□□□□□ -0.248e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 U2AF2-208ENST00000592874 849 ntTSL 513.52□□□□□ -0.258e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 TDG-205ENST00000537100 923 ntTSL 313.5□□□□□ -0.258e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 TDG-203ENST00000436021 824 ntTSL 513.43□□□□□ -0.268e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ANGEL1-201ENST00000251089 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.288e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 U2AF2-203ENST00000587196 778 ntTSL 312.74□□□□□ -0.378e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-201ENST00000261220 1836 ntTSL 2 BASIC12.51□□□□□ -0.418e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-207ENST00000461710 2650 ntTSL 212.46□□□□□ -0.418e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ACSS3-203ENST00000548058 9254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.448e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-209ENST00000550777 1779 ntTSL 5 BASIC12.2□□□□□ -0.468e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ANGEL1-205ENST00000557179 1427 ntTSL 2 BASIC12.16□□□□□ -0.468e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-208ENST00000415897 1457 ntTSL 512.12□□□□□ -0.478e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-215ENST00000470140 788 ntTSL 512.05□□□□□ -0.488e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ASLP1-201ENST00000428790 637 ntBASIC11.98□□□□□ -0.498e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 BRD3-203ENST00000371842 574 ntTSL 511.95□□□□□ -0.58e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 TDG-201ENST00000266775 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.568e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 CPSF4-210ENST00000469897 689 ntTSL 211.36□□□□□ -0.598e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 SAP30BP-215ENST00000581207 930 ntTSL 210.75□□□□□ -0.698e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-202ENST00000323666 3601 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.728e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-216ENST00000498525 777 ntTSL 510.53□□□□□ -0.728e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 TDG-202ENST00000392872 3251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.738e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 AP000347.2-201ENST00000423913 584 ntTSL 510.41□□□□□ -0.748e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-210ENST00000551840 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.15□□□□□ -0.798e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 UBE3C-205ENST00000470408 5197 ntTSL 210.06□□□□□ -0.88e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ANO9-203ENST00000525804 260 ntTSL 29.99□□□□□ -0.818e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 CSNK1D-210ENST00000579308 598 ntTSL 28.85□□□□□ -0.998e-13■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ACSS3-204ENST00000548324 2214 ntTSL 28.74□□□□□ -1.018e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ECT2-206ENST00000417960 4363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.73□□□□□ -1.018e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 MGAT4A-201ENST00000264968 8432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.6□□□□□ -1.038e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 MGAT4A-202ENST00000393487 8382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.34□□□□□ -1.078e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 POLL-216ENST00000485369 776 ntTSL 58.15□□□□□ -1.18e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ANGEL1-203ENST00000555079 553 ntTSL 58.01□□□□□ -1.138e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 CCT7-213ENST00000488856 612 ntTSL 27.53□□□□□ -1.28e-13■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 MAD1L1-217ENST00000469871 477 ntTSL 37.41□□□□□ -1.228e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-204ENST00000427097 974 ntTSL 56.95□□□□□ -1.38e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 SAT2-204ENST00000570914 765 ntTSL 26.86□□□□□ -1.318e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ECT2-201ENST00000232458 4087 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.378e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ECT2-216ENST00000540509 4406 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC6.33□□□□□ -1.48e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-207ENST00000549502 513 ntTSL 46.1□□□□□ -1.438e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 C5orf24-203ENST00000435259 851 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC6.02□□□□□ -1.458e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 C5orf24-201ENST00000338051 4270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.98□□□□□ -1.458e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 TDG-206ENST00000540956 1014 ntTSL 25.74□□□□□ -1.498e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 MGAT4A-203ENST00000409391 2018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.588e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 TDG-207ENST00000542926 1277 ntTSL 54.97□□□□□ -1.618e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 SMARCC1-206ENST00000485737 631 ntTSL 44.93□□□□□ -1.628e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 MGAT4A-204ENST00000414521 3709 ntTSL 2 BASIC4.81□□□□□ -1.648e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ZNF451-212ENST00000508548 495 ntTSL 24.56□□□□□ -1.688e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 MAP4K3-207ENST00000465701 201 ntTSL 54.22□□□□□ -1.738e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ECT2-204ENST00000392692 4158 ntTSL 1 (best) BASIC4.13□□□□□ -1.758e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ECT2-209ENST00000437296 2266 ntTSL 54.09□□□□□ -1.768e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-204ENST00000546478 232 ntTSL 24.06□□□□□ -1.768e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 DDX46-206ENST00000507053 530 ntTSL 44.02□□□□□ -1.778e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ECT2-215ENST00000487073 628 ntTSL 33.98□□□□□ -1.778e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 METAP2-208ENST00000549808 538 ntTSL 43.98□□□□□ -1.778e-6■□□□□ 8.5
SF3A3Q12874 ECT2-214ENST00000486027 905 ntTSL 33.6□□□□□ -1.838e-6■□□□□ 8.5
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