Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RN7SKP155-201ENST00000516031 288 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
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TCOF1Q13428 FOXN3-AS2-201ENST00000554071 1262 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 BATF-202ENST00000555504 361 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 DLK1-205ENST00000556051 469 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
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TCOF1Q13428 RPS5-204ENST00000598098 536 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 VRK3-217ENST00000599538 2126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 SLC38A5-212ENST00000619100 2100 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 DNMT3L-204ENST00000628202 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 POTEM-201ENST00000547889 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 GJB1-201ENST00000361726 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 CDH1-213ENST00000612417 2068 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 GPNMB-203ENST00000409458 1673 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC093462.1-201ENST00000621167 1683 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 MC3R-201ENST00000243911 1084 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 BCL2L11-202ENST00000337565 720 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 HCG9-201ENST00000376800 663 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 WASIR1-201ENST00000399966 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC099567.1-201ENST00000414418 931 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC093673.1-201ENST00000429630 648 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 PRKAR2A-AS1-203ENST00000431705 592 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 KRT18P62-201ENST00000446618 1287 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 FAM3D-AS1-201ENST00000464125 821 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 MRPS36-204ENST00000512880 1200 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 MRPS36-205ENST00000602380 1200 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC006548.2-201ENST00000605217 529 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 HMGB1P24-201ENST00000611897 328 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 MIR6816-201ENST00000620368 66 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 CSAG3-203ENST00000638835 793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 CSAG2-204ENST00000640702 793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
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TCOF1Q13428 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 TBL3-208ENST00000615855 2472 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 NAA60-202ENST00000407558 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 SLC7A8-212ENST00000529705 1819 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC006450.3-201ENST00000453529 2146 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 CLEC18A-201ENST00000288040 2155 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 SV2A-201ENST00000369145 2903 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 UBBP4-202ENST00000584755 1459 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
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TCOF1Q13428 IFI35-204ENST00000438323 1232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 C21orf62-204ENST00000490358 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC011383.1-201ENST00000517474 617 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
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TCOF1Q13428 TTC23L-209ENST00000638320 1185 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
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TCOF1Q13428 PSTPIP1-207ENST00000559295 1349 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CCT7-201ENST00000258091 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
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TCOF1Q13428 CLK4-201ENST00000316308 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 GLIPR1L2-201ENST00000320460 1729 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 EIF4E2-205ENST00000409394 604 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 GRAMD1A-203ENST00000424536 808 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC122719.1-201ENST00000507989 559 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
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TCOF1Q13428 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CCNE2-201ENST00000308108 2724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SHANK2-202ENST00000357171 1373 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CCL5-201ENST00000603197 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 LUC7L2-208ENST00000541170 1525 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 HCRTR1-201ENST00000373705 1170 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MDS2-201ENST00000374555 1029 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
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