Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ZIM2-AS1-201ENST00000595954 2129 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 FDFT1-214ENST00000528812 2013 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CD59-201ENST00000351554 1775 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 NIPA1-207ENST00000561183 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ARPC1A-201ENST00000262942 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CR382285.1-201ENST00000625012 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CTSS-202ENST00000448301 1421 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 FKBP4P8-201ENST00000610931 1369 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 USP17L2-201ENST00000333796 1910 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CMTM1-201ENST00000328020 981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CMTM1-202ENST00000332695 624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CMTM1-205ENST00000379500 1064 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 COLEC11-204ENST00000402794 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 DDX39B-AS1-208ENST00000420520 516 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AL080243.1-201ENST00000423293 1060 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC068057.1-201ENST00000453322 709 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RN7SL128P-201ENST00000467883 305 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RN7SL147P-201ENST00000487345 298 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 WNT5A-205ENST00000497027 1299 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CHCHD2P2-201ENST00000503744 321 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CMTM1-209ENST00000528324 749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CMTM1-217ENST00000533666 493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CRADD-205ENST00000548483 1056 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AF111169.3-201ENST00000553991 756 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 HNRNPA1P5-201ENST00000558213 966 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC023825.2-201ENST00000562970 672 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CES1P2-201ENST00000566467 1242 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MED11-202ENST00000573708 802 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AP005899.1-201ENST00000579467 544 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SNX11-210ENST00000582104 1282 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 KRT17P4-206ENST00000584151 719 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC023090.1-201ENST00000592906 502 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC093503.1-201ENST00000593888 495 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ADGRE3-204ENST00000595472 486 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LINC02333-201ENST00000603464 852 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC233280.19-201ENST00000633223 136 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 KLK4-201ENST00000324041 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 OR10N1P-201ENST00000392758 869 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ATP5J-202ENST00000400087 826 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 COPS7B-204ENST00000409091 806 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 BX679664.3-201ENST00000414070 555 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PGAM1P11-201ENST00000416729 680 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LINC00339-202ENST00000416769 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LINC00483-202ENST00000419688 558 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TEX36-AS1-202ENST00000446081 749 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC113935.1-201ENST00000471722 555 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 BCL2L12P1-201ENST00000508390 733 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SEPHS2P1-201ENST00000511618 1162 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 EVX1-AS-203ENST00000519218 554 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 UBR5-AS1-202ENST00000520820 800 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AL132994.1-201ENST00000554098 400 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LINC02252-201ENST00000565706 487 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ARL17B-203ENST00000570618 1140 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 STAT5A-208ENST00000587646 1022 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC009950.1-210ENST00000594622 553 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GPX3-201ENST00000388825 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms