Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC39Q9UFE4 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms