Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0E7

USP44, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 44, humanhuman

Predictions only

Length 712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP44Q9H0E7 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
USP44Q9H0E7 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
USP44Q9H0E7 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP44Q9H0E7 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms