Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC42Q96M95 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC42Q96M95 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms