Protein–RNA interactions for Protein: P48436

SOX9, Transcription factor SOX-9, humanhuman

Predictions only

Length 509 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX9P48436 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX9P48436 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX9P48436 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX9P48436 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX9P48436 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX9P48436 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX9P48436 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX9P48436 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SOX9P48436 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX9P48436 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX9P48436 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX9P48436 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX9P48436 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX9P48436 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX9P48436 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX9P48436 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX9P48436 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX9P48436 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX9P48436 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX9P48436 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX9P48436 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX9P48436 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX9P48436 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX9P48436 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX9P48436 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX9P48436 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX9P48436 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX9P48436 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX9P48436 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX9P48436 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX9P48436 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX9P48436 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX9P48436 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX9P48436 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX9P48436 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX9P48436 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX9P48436 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX9P48436 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX9P48436 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX9P48436 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX9P48436 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX9P48436 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX9P48436 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX9P48436 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX9P48436 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX9P48436 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX9P48436 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.3 ms