Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 LINC01341-202ENST00000421003 2600 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 GEM-201ENST00000297596 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 USO1-201ENST00000264904 4135 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ADGRG6-204ENST00000367609 6887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 PTK2-202ENST00000395218 4415 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 NCLN-201ENST00000246117 4005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 TBC1D24-201ENST00000293970 4340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC022007.1-201ENST00000383808 1897 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 FRMD4B-201ENST00000398540 5060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AL121827.1-201ENST00000370257 3264 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 DIS3L2-205ENST00000409401 2048 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 MKL1-203ENST00000402042 4343 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 C19orf44-203ENST00000594035 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ZNF778-202ENST00000433976 3608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 NECAP2-202ENST00000443980 1929 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC004846.1-201ENST00000554614 3050 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 LAMP2-203ENST00000434600 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 GATB-201ENST00000263985 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 LINC00940-201ENST00000418006 2350 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 EPHA5-203ENST00000432638 3662 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 RTL5-202ENST00000609883 4105 ntAPPRIS P1 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 SRPRB-201ENST00000466490 2827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 SH2D3C-201ENST00000314830 3124 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 PROM2-201ENST00000317620 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ACVR1B-202ENST00000415850 1665 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 BTBD9-206ENST00000481247 8525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 PTK7-205ENST00000352931 4023 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 TBR1-201ENST00000389554 4009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 CIPC-201ENST00000361786 4486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ARHGEF4-217ENST00000611048 3486 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ADAMTSL2-201ENST00000354484 4068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 UGT3A1-201ENST00000274278 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 CACNA1G-220ENST00000507896 6600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 CCT2-201ENST00000299300 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC010255.3-203ENST00000509403 1727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 TBC1D8-AS1-201ENST00000610202 2478 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 NPHP3-ACAD11-201ENST00000471702 7784 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 NUP133-201ENST00000261396 5207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC104129.1-202ENST00000480694 4481 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 LRRFIP2-202ENST00000354379 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 TXNDC12-201ENST00000371626 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 TOE1-201ENST00000372090 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 COX6B2-210ENST00000593184 2083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 RNF220-203ENST00000361799 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 RNF220-204ENST00000372247 3010 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC016245.1-201ENST00000570335 3204 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 TCF12-201ENST00000267811 6061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 WDR26-201ENST00000414423 6872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 AC073869.1-201ENST00000415574 2762 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 CCT6B-201ENST00000314144 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 YLPM1-207ENST00000552421 4899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 SUGP2-203ENST00000452918 6176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
SCN1BQ07699 RPUSD4-201ENST00000298317 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 SNX12-202ENST00000374274 2376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 BRSK2-207ENST00000528710 3528 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 AAAS-202ENST00000394384 1703 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 PTH2R-201ENST00000272847 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 CLOCK-211ENST00000513440 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 NFKBIZ-202ENST00000326172 3923 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 VRK3-201ENST00000316763 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 COL6A2-203ENST00000397763 3101 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 PWWP2A-202ENST00000456329 3991 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
SCN1BQ07699 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms