Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 DGCR8-201ENST00000351989 4514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 SLC41A3-204ENST00000383598 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 LARP7-202ENST00000344442 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 SLC4A8-205ENST00000535225 2262 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 RPUSD4-201ENST00000298317 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 R3HDM2-204ENST00000402412 4372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 BRSK2-207ENST00000528710 3528 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 SUN2-201ENST00000405018 4022 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 CCDC117-201ENST00000249064 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 TMUB2-201ENST00000319511 2418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 MAP7D2-201ENST00000379643 3918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 PHACTR2-202ENST00000367582 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 PHLDB2-204ENST00000431670 6127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 APBA2-212ENST00000561069 3138 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 HECTD1-219ENST00000611816 8980 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 TNIK-204ENST00000436636 6970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 KCNMA1-216ENST00000457953 3976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 CDH3-201ENST00000264012 4929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AMT-201ENST00000273588 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 KCNJ9-201ENST00000368088 4170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 MAP3K3-203ENST00000577395 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 CACNA1I-202ENST00000402142 10004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 PRKN-205ENST00000366897 2877 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 SPRY1-208ENST00000622283 2352 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 SMARCA4-202ENST00000413806 5512 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 NUMB-216ENST00000555394 3037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 TSPEAR-AS1-202ENST00000451035 2108 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 C5orf56-206ENST00000612967 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 LINC02396-202ENST00000550636 2324 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 GRWD1-201ENST00000253237 5571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ZNF202-207ENST00000530393 3564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 TNPO2-218ENST00000592287 2914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 TRIM69-206ENST00000559390 2486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 DHRS4-AS1-204ENST00000555045 1848 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 PRKAR2A-202ENST00000296446 3318 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 NPAS4-201ENST00000311034 3303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ZIK1-204ENST00000597850 4181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 NCF2-201ENST00000367535 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 GDPD5-215ENST00000533805 2424 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 SRPRB-201ENST00000466490 2827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 FKBP9-214ENST00000538336 3621 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 SEMA3F-201ENST00000002829 3802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 IFT88-202ENST00000351808 2856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 CSF2RB-203ENST00000406230 2895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 NF1-204ENST00000431387 2889 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
IFT88Q13099 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms