Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TPM1-202ENST00000288398 1295 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TSPO2-201ENST00000373158 718 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC245369.1-201ENST00000390634 434 ntAPPRIS P1 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CPLX2-209ENST00000515094 576 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MCPH1-AS1-203ENST00000525186 869 ntTSL 3 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC005901.1-201ENST00000592766 552 ntTSL 4 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NR2F2-AS1-215ENST00000620029 1223 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ROPN1-211ENST00000620893 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 GLIDR-205ENST00000640674 884 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TNRC18-203ENST00000399537 10572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TNRC18-205ENST00000430969 10562 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 KIAA1614-AS1-201ENST00000415647 1440 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MYL12B-201ENST00000237500 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 COX8C-201ENST00000342144 533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TOMM7-201ENST00000358435 778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 VDAC1P1-201ENST00000439229 848 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PFN2-206ENST00000461930 606 ntTSL 4 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 UPK1B-205ENST00000497685 981 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SMIM23-202ENST00000523047 573 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AP001160.1-201ENST00000535817 565 ntTSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MIR4754-201ENST00000582477 89 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 COX10-AS1-206ENST00000602743 576 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TOMM7-207ENST00000621567 241 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 LINC02405-201ENST00000512624 1361 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 IL17RA-201ENST00000319363 8607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RBBP8-201ENST00000327155 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
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