Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIG3P49916 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIG3P49916 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
LIG3P49916 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIG3P49916 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIG3P49916 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIG3P49916 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIG3P49916 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIG3P49916 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIG3P49916 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIG3P49916 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIG3P49916 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIG3P49916 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIG3P49916 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIG3P49916 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIG3P49916 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG3P49916 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG3P49916 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG3P49916 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG3P49916 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG3P49916 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG3P49916 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIG3P49916 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG3P49916 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG3P49916 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG3P49916 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIG3P49916 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG3P49916 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG3P49916 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG3P49916 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG3P49916 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG3P49916 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG3P49916 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIG3P49916 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG3P49916 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG3P49916 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG3P49916 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG3P49916 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG3P49916 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG3P49916 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG3P49916 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG3P49916 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIG3P49916 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG3P49916 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG3P49916 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG3P49916 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG3P49916 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG3P49916 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG3P49916 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG3P49916 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG3P49916 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIG3P49916 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG3P49916 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG3P49916 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG3P49916 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG3P49916 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG3P49916 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG3P49916 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG3P49916 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG3P49916 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIG3P49916 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG3P49916 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG3P49916 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG3P49916 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG3P49916 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms