Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AL365295.1-203ENST00000435322 566 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL356056.1-201ENST00000437899 369 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ALG1L13P-202ENST00000519320 584 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC005696.1-201ENST00000572876 443 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC136475.1-202ENST00000602429 1151 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC242426.4-201ENST00000606856 573 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC087392.5-201ENST00000612517 489 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC009053.1-204ENST00000429810 2355 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 NDUFB6-203ENST00000379847 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC113367.3-201ENST00000508316 1912 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC138517.2-201ENST00000637503 2594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 PRIMPOL-211ENST00000515774 2007 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 VAMP2-202ENST00000404970 1479 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC007952.5-201ENST00000572818 1486 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MICB-201ENST00000252229 2446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GNPNAT1-203ENST00000554230 2238 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GSN-209ENST00000449733 2702 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CHPF2-204ENST00000495645 2709 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 VPS25-201ENST00000253794 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CGB1-201ENST00000301407 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 PIK3IP1-202ENST00000402249 999 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 Metazoa_SRP.9-201ENST00000415635 283 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RTN4RL2-203ENST00000533205 637 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SDHAF2-206ENST00000542074 835 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 FAM227B-210ENST00000560246 911 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC135782.2-201ENST00000562040 472 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 WT1-AS_6.1-201ENST00000614919 121 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC109460.1-201ENST00000567209 1478 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CTNND2-202ENST00000458100 1962 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL513327.1-206ENST00000587696 1432 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SHMT1P1-201ENST00000419974 1312 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RHOXF1P3-203ENST00000640298 2668 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SPACA3-201ENST00000269053 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TMEM177-203ENST00000409951 1216 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GUSBP10-201ENST00000417412 665 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL157788.1-201ENST00000437838 229 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC004869.1-201ENST00000440935 540 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC084030.1-201ENST00000455068 561 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL512330.1-201ENST00000456701 349 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LINC02062-201ENST00000513175 478 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LINC01154-201ENST00000548617 454 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LINC01225-202ENST00000562339 2113 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MT3-203ENST00000565838 421 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SPACA3-205ENST00000580599 949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LINC01224-201ENST00000593573 798 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL133467.4-201ENST00000602953 725 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 WARS-203ENST00000358655 2466 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TLE3-203ENST00000451782 2356 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC067931.2-201ENST00000623655 2003 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC011498.7-201ENST00000624986 2027 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RPL13AP3-202ENST00000494676 1473 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LINC01029-204ENST00000583106 1465 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ZBTB17-201ENST00000375733 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
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