Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL355334.1-201ENST00000417713 215 ntBASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 BX284668.5-201ENST00000422124 406 ntTSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL139412.1-202ENST00000452465 675 ntTSL 3 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RN7SL8P-201ENST00000461771 266 ntBASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC011825.3-201ENST00000583184 565 ntTSL 5 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MYO15B-237ENST00000642007 4893 ntBASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 DIXDC1-201ENST00000440460 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MYL6-219ENST00000551589 1438 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 MAP2K3-201ENST00000316920 1246 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 PIK3IP1-202ENST00000402249 999 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 ATP6V1G2-210ENST00000483251 662 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 SMIM23-202ENST00000523047 573 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 AC006453.1-201ENST00000636037 1257 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
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HDDC3Q8N4P3 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
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HDDC3Q8N4P3 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 HAP1-204ENST00000393939 5683 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 TPM1-202ENST00000288398 1295 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 KDSR-201ENST00000326575 1024 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 ALG1L-201ENST00000340333 805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 AC026316.1-201ENST00000398900 414 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 CPLX2-209ENST00000515094 576 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HDDC3Q8N4P3 AC025154.2-203ENST00000550214 1031 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
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