Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC140479.7-201ENST00000636301 2332 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 AC092506.1-201ENST00000634580 2275 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 ANXA9-201ENST00000368947 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 RAD23A-209ENST00000592268 1526 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 BIN3-205ENST00000519513 1431 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 TMEM177-202ENST00000401466 1346 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 LY86-201ENST00000230568 559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 FAM163B-201ENST00000356873 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 SPIN2B-203ENST00000374910 725 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 USP17L6P-201ENST00000382470 1197 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 ACTBP7-201ENST00000418351 1124 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 AC018638.5-201ENST00000450885 754 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 AGPAT5P1-201ENST00000455855 1019 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 KRT18P15-201ENST00000458108 1291 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 IGHV1-12-201ENST00000518307 205 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 PMFBP1-208ENST00000537792 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 TMEM45A-202ENST00000403410 1910 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 WAC-AS1-202ENST00000528337 2608 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 PRNP-201ENST00000379440 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.4-201ENST00000366232 298 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 GAPDH-203ENST00000396858 1292 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 AC012442.2-201ENST00000414784 425 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 ACYP2-204ENST00000422521 1115 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 PSMB8-AS1-204ENST00000429600 996 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 TEX36-AS1-202ENST00000446081 749 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 FRMD4A-208ENST00000493380 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 ATP6V0A2-207ENST00000544833 1013 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 AC138466.5-201ENST00000624002 808 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 PLPPR1-201ENST00000374874 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 CDC45-202ENST00000404724 1693 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 PDE4C-204ENST00000539010 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 STK33-203ENST00000396672 2558 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 ZNF460-202ENST00000537645 2037 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TCOF1Q13428 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 NDUFB11-202ENST00000377811 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SCFD2-201ENST00000388940 2221 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CALR3-201ENST00000269881 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CYB561D1-203ENST00000393709 620 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ACTG2-204ENST00000409918 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RPL3P2-204ENST00000413027 1203 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 NDUFS7-203ENST00000414651 841 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 HCG27-204ENST00000424675 895 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 HIGD1A-203ENST00000430190 741 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RGS5-216ENST00000449680 788 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RN7SL788P-201ENST00000460504 316 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RAMP3-203ENST00000496212 543 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RN7SL564P-201ENST00000496309 250 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AP005131.2-201ENST00000589045 487 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 DKKL1-202ENST00000594268 524 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC011500.3-201ENST00000594676 647 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TMIGD2-204ENST00000600349 333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TMPRSS4-211ENST00000522307 1634 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SARS-202ENST00000369923 1882 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RBP1-205ENST00000492918 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC020910.6-201ENST00000623084 1459 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC007388.1-204ENST00000449569 2517 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 EFHC1-230ENST00000637263 2089 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RN7SKP109-201ENST00000410592 316 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SH3BGR-209ENST00000458295 812 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RNA5SP417-201ENST00000516459 108 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 EIF2B1-205ENST00000539951 848 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AP001029.1-201ENST00000589843 168 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC020934.2-201ENST00000592400 456 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC008758.6-201ENST00000598753 588 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TP53-221ENST00000615910 1149 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
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