Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 COQ7-209ENST00000569127 2575 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 RASA3-201ENST00000334062 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 TRAF3-202ENST00000351691 2239 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 PEX5L-215ENST00000485199 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 GABRA1-201ENST00000023897 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 RPRD1A-202ENST00000399022 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 ANKH-201ENST00000284268 8203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 PRDM10-204ENST00000423662 5998 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 PLA2G4B-202ENST00000458483 2734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 GCOM2-201ENST00000509133 1104 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 UBXN11-204ENST00000374217 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 KBTBD4-202ENST00000430070 2372 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 FERMT3-201ENST00000279227 2489 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 FERMT3-202ENST00000345728 2481 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 CHD1-212ENST00000614616 8095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 IL21R-AS1-201ENST00000563191 2615 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 CLIC5-208ENST00000544153 2051 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 PPFIA4-204ENST00000447715 6349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 CYB561-201ENST00000360793 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 SPIN3-204ENST00000638257 4835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 SLC11A2-204ENST00000541174 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 GPRASP1-203ENST00000444152 5809 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 FEM1A-201ENST00000269856 9593 ntAPPRIS P1 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 SEZ6L-202ENST00000343706 2898 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
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HIF3AQ9Y2N7 TP53I11-201ENST00000308212 3683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 AL928921.2-201ENST00000641325 2442 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 DCD-201ENST00000293371 645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
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HIF3AQ9Y2N7 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 AC124312.2-201ENST00000546615 427 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 STRADA-221ENST00000582137 1238 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 MIR6074-201ENST00000612054 107 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 NMNAT3-202ENST00000339837 1863 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 LAP3-210ENST00000606142 1876 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 ADAM15-204ENST00000359280 2874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 DIAPH2-204ENST00000373054 3376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 RET-201ENST00000340058 4149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 DCHS1-201ENST00000299441 10765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 FAM219A-204ENST00000379081 3543 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 CYB5D2-201ENST00000301391 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HIF3AQ9Y2N7 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
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