Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MOCS1-201ENST00000340692 2747 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 BIRC5-203ENST00000374948 2446 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ALDOA-209ENST00000563060 1550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC004898.1-201ENST00000451057 766 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RPL18P13-201ENST00000478088 569 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AP002387.1-201ENST00000529369 680 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC068790.8-201ENST00000618862 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 LINC01225-202ENST00000562339 2113 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MAPT-206ENST00000415613 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MICB-201ENST00000252229 2446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AGTPBP1-208ENST00000628899 4222 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SEPT9-228ENST00000590294 2816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PDE8B-203ENST00000340978 3426 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 VDAC1P1-201ENST00000439229 848 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 NKG7-204ENST00000595217 816 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 DIO1-215ENST00000610607 796 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 ZNF7-203ENST00000525266 1874 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC067930.6-201ENST00000623257 4947 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 PAIP2-202ENST00000394795 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
LHX3Q9UBR4 FAS-202ENST00000352159 1722 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms