Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 CLTC-201ENST00000269122 7760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.925e-7■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 CLTC-210ENST00000579456 2301 ntTSL 5 BASIC7.47□□□□□ -1.215e-7■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 CLTC-203ENST00000466513 793 ntTSL 26.05□□□□□ -1.445e-7■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 FAM102A-204ENST00000465821 4316 ntTSL 213.07□□□□□ -0.321e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SNX5-203ENST00000419004 778 ntTSL 513.56□□□□□ -0.245e-9■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-202ENST00000468186 3253 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.111e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.241e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-213ENST00000520629 415 ntTSL 313.21□□□□□ -0.291e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-206ENST00000489616 583 ntTSL 212.54□□□□□ -0.41e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-205ENST00000481221 683 ntTSL 3 BASIC6.86□□□□□ -1.311e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-217ENST00000522221 979 ntTSL 25.94□□□□□ -1.461e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-210ENST00000519043 1115 ntTSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.471e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-215ENST00000521609 793 ntTSL 5 BASIC5.29□□□□□ -1.561e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-218ENST00000522525 1867 ntTSL 1 (best)5.27□□□□□ -1.571e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-219ENST00000523354 459 ntTSL 24.99□□□□□ -1.611e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-201ENST00000467069 667 ntTSL 54.95□□□□□ -1.621e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-214ENST00000521267 851 ntTSL 34.85□□□□□ -1.631e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-211ENST00000520396 550 ntTSL 34.25□□□□□ -1.731e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 THUMPD3-AS1-207ENST00000494680 544 ntTSL 53.26□□□□□ -1.891e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 LRP1-208ENST00000555124 550 ntTSL 413.58□□□□□ -0.243e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.733e-7■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.33e-7■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 ARAP1-221ENST00000546293 702 ntTSL 316.36■□□□□ 0.214e-13■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.56e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SMARCD2-210ENST00000584400 1017 ntTSL 324.21■■□□□ 1.476e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.276e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.256e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.216e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 EEF1AKMT2-202ENST00000464099 1013 ntTSL 1 (best)22.57■■□□□ 1.26e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 16e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.956e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 UTP4-203ENST00000562237 2186 ntTSL 1 (best)20.96■□□□□ 0.956e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.923e-14■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.926e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.96e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.896e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.886e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.886e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 E2F6-205ENST00000437573 1253 ntTSL 1 (best)20.12■□□□□ 0.816e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 AC079781.5-201ENST00000641390 3211 nt20.1■□□□□ 0.816e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TMEM234-211ENST00000491434 1538 ntTSL 1 (best)19.93■□□□□ 0.786e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TSEN54-208ENST00000583173 798 ntTSL 519.89■□□□□ 0.776e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 COQ9-207ENST00000564655 935 ntTSL 319.86■□□□□ 0.772e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 MAFG-203ENST00000574686 570 ntTSL 519.73■□□□□ 0.756e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 GLUL-210ENST00000484996 1369 ntTSL 319.72■□□□□ 0.756e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TRAPPC10-203ENST00000422875 5267 ntTSL 1 (best)19.69■□□□□ 0.746e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 COQ9-208ENST00000565964 581 ntTSL 319.64■□□□□ 0.732e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 COQ9-206ENST00000564115 845 ntTSL 519.22■□□□□ 0.672e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 UTP4-211ENST00000567460 595 ntTSL 419.15■□□□□ 0.666e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TOP3A-204ENST00000472959 913 ntTSL 319.07■□□□□ 0.646e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TMEM234-204ENST00000461402 1866 ntTSL 1 (best)18.96■□□□□ 0.636e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 EIF4G2-207ENST00000525995 592 ntTSL 418.78■□□□□ 0.66e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.532e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SSBP4-210ENST00000601444 427 ntTSL 518.35■□□□□ 0.536e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.526e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TNS2-217ENST00000552168 1918 ntTSL 518.29■□□□□ 0.526e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 EIF4G2-203ENST00000524932 1286 ntTSL 518.24■□□□□ 0.516e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.496e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 NUCB1-204ENST00000424608 884 ntAPPRIS ALT2 TSL 518.11■□□□□ 0.496e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.496e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SSBP4-212ENST00000601919 492 ntTSL 517.86■□□□□ 0.456e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 RCN3-204ENST00000597801 549 ntTSL 517.63■□□□□ 0.413e-14■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 E2F6-203ENST00000421117 907 ntTSL 517.52■□□□□ 0.46e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 E2F6-204ENST00000428221 3139 ntTSL 1 (best)17.47■□□□□ 0.396e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.386e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 EEF1AKMT2-203ENST00000466270 3587 ntTSL 1 (best)17.23■□□□□ 0.356e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.346e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TMEM234-210ENST00000489170 1412 ntTSL 1 (best)17.17■□□□□ 0.346e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.292e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.296e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 UTP4-209ENST00000567235 586 ntTSL 516.81■□□□□ 0.286e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 E2F6-206ENST00000444832 3296 ntTSL 1 (best)16.81■□□□□ 0.286e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 NUCB1-207ENST00000452087 864 ntTSL 316.64■□□□□ 0.256e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.256e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 AC079781.5-202ENST00000641784 3743 ntBASIC16.57■□□□□ 0.246e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 CDK2AP1-202ENST00000535796 344 ntTSL 216.54■□□□□ 0.246e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.236e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.226e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.216e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 GLUL-203ENST00000339526 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.176e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.176e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.156e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 NCKAP5L-201ENST00000335999 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.146e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 E2F6-201ENST00000307236 3317 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.146e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TOP3A-220ENST00000585031 575 ntTSL 415.78■□□□□ 0.126e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.16e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 UBA1-202ENST00000377269 2497 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.096e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.076e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.066e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.052e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TRAPPC10-201ENST00000291574 6976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.046e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 CDK2AP1-205ENST00000542174 1812 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.036e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 SSBP4-207ENST00000600244 622 ntTSL 215.2■□□□□ 0.026e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 LMBR1-201ENST00000353442 7997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.016e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 EIF4G2-218ENST00000531416 1969 ntTSL 214.98□□□□□ -0.016e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 EEF1D-227ENST00000529576 424 ntTSL 214.92□□□□□ -0.026e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 RAB24-203ENST00000393610 870 ntTSL 514.84□□□□□ -0.036e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 TMEM234-205ENST00000466796 2736 ntTSL 214.82□□□□□ -0.046e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 AGPAT1-205ENST00000395497 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.046e-6■□□□□ 10.9
SF3A3Q12874 NCKAP5L-202ENST00000433948 4235 ntTSL 1 (best)14.81□□□□□ -0.046e-6■□□□□ 10.9
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